Bagaimana Varian Omicron dari COVID-19 mungkin muncul?

Salah satu fitur yang tidak biasa dan paling menarik dari mutasi besar-besaran Mikron variannya adalah ia memperoleh semua mutasi dalam satu ledakan dalam rentang waktu yang sangat singkat. Tingkat perubahannya begitu besar sehingga beberapa orang mengira ini bisa jadi merupakan jenis virus baru pada manusia coronavirus (SARS-CoV-3?). Bagaimana mutasi tingkat tinggi bisa terjadi dalam waktu sesingkat itu? Beberapa orang berpendapat demikian Mikron mungkin telah berevolusi dari pasien dengan penurunan kekebalan tubuh dan menderita beberapa infeksi kronis seperti HIV/AIDS. Atau, mungkinkah ia berevolusi dalam gelombang yang sedang terjadi saat ini Eropa yang mana telah menyaksikan tingkat penularan yang sangat tinggi? Atau, mungkinkah ini terkait dengan penelitian Gain-of function (GoF) atau hal lainnya? Siapa yang diuntungkan? Tidak mungkin menarik kesimpulan apa pun pada tahap ini. Meski demikian, artikel ini berupaya menyoroti berbagai dimensi yang terkait dengan fenomena tersebut.  

Varian COVID-19 baru yang dilaporkan baru-baru ini dari Afrika Selatan pada 25^th November 2021 telah menyebar ke beberapa negara di dunia yaitu Inggris, Kanada, Jepang, Australia, Austria, Hongkong, Israel, Spanyol, Belgia, Denmark dan Portugal. Ini telah ditetapkan sebagai varian baru yang menjadi perhatian (VOC) oleh WHO dan diberi nama Mikron. Omicron ditandai dengan 30 perubahan asam amino, tiga penghapusan kecil dan satu penyisipan kecil dalam protein lonjakan dibandingkan dengan virus asli¹. Namun, berdasarkan tingkat mutasi² virus RNA, tidak mungkin mengembangkan 30 mutasi lebih dalam semalam. Diperlukan setidaknya 3 hingga 5 bulan untuk menghasilkan 6 mutasi pada genom 30kb SARS-CoV-2 berdasarkan tingkat mutasi yang dialami virus secara alami.² upon transmission from host to host. Going by this calculation it should have taken 15 – 25 months for something like Mikron to emerge, bearing 30 mutations. However, the world has not seen this gradual mutation rise over the said period of time. It is argued that this variant evolved from a chronic infection of an immunocompromised patient, possibly an untreated HIV/AIDS patient. Based on the degree of change, it should well be classified as a new strain of virus (SARS-CoV-3 may be). Nevertheless, the number of mutations present might be indicative of its higher transmissibility than other variants. However, more studies are required to confirm this. 

Beberapa minggu ke depan sangat penting untuk menentukan penularan varian baru dan tingkat keparahan penyakit yang ditimbulkannya. Sampai saat ini, semua kasusnya ringan dan tanpa gejala dan kabar baiknya tidak ada kematian. Kita juga perlu menilai sejauh mana varian baru dapat lolos dari perlindungan kekebalan yang diberikan oleh vaksin saat ini. Ini akan memungkinkan kami untuk memutuskan berapa lama kami dapat melanjutkan vaksin saat ini sebelum menyesuaikannya untuk varian baru. Pfizer dan Moderna telah mengambil langkah untuk menyesuaikan vaksin mereka. Namun, pertanyaan yang membayangi masih tetap ada tentang asal usul varian ini. Masuk akal bahwa varian Omicron mungkin telah berevolusi dalam gelombang kasus yang lebih tinggi saat ini di Eropa jauh lebih awal, tetapi dilaporkan oleh otoritas Afrika Selatan baru-baru ini (berdasarkan pengurutan genom). Namun, ini mungkin tidak terjadi karena gelombang arus telah ada selama 4-5 bulan terakhir dan menurut tingkat mutasi, seharusnya menghasilkan tidak lebih dari 5-6 mutasi. 

Atau dulu Mikron, produk penelitian Gain of Function (GoF) yang mengarah pada pengembangan patogen potensial pandemi (PPP)^3,4. Penelitian gain of function mengacu pada eksperimen di mana patogen (dalam hal ini SARS-CoV-2), memperoleh kemampuan untuk melakukan fungsi yang bukan merupakan bagian dari keberadaan regulernya. Dalam hal ini, dapat menyebabkan peningkatan penularan dan peningkatan virulensi. Hal ini berpotensi mengarah pada perkembangan organisme yang baru dan belum pernah ada di alam. Tujuan penelitian GoF adalah untuk mendapatkan pemahaman tentang varian patogen dan siap dengan terapi atau vaksin, jika varian tersebut muncul di alam. Jumlah mutasi yang diperoleh PPP, tidak hanya membuat galur sangat mudah menular, tetapi juga membantu melepaskan diri dari antibodi penetral yang dibuat untuk melawan virus asli pada individu yang baru sembuh. Selain itu, manipulasi regangan dimungkinkan menggunakan teknik rekayasa genetika modern berdasarkan rekombinasi RNA yang ditargetkan⁵. Ini juga dapat menyebabkan varian/strain patogen baru dengan jumlah mutasi yang lebih banyak, yang mengarah ke virus yang sangat menular dan virulen. Penelitian telah menunjukkan bahwa 20 mutasi yang terjadi pada protein lonjakan, termasuk perubahan dan penghapusan, cukup untuk menghindari sebagian besar antibodi yang dihasilkan dalam plasma individu yang telah terinfeksi atau divaksinasi terhadap SARS-CoV-2.⁶. Menurut penelitian lain, di bawah tekanan kekebalan yang kuat, SARS-CoV-2 dapat memperoleh kemampuan untuk lolos dari antibodi hanya dengan membuat 3 perubahan, dua penghapusan di domain terminal N dan satu mutasi (E483K) pada protein lonjakan.⁷. 

Haruskah penelitian semacam ini dibiarkan yang mengarah pada pembentukan KPS? Faktanya, keuntungan penelitian fungsi dilarang oleh AS pada tahun 2014 oleh NIH, setelah serangkaian kecelakaan yang melibatkan patogen yang salah penanganan di Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit AS, menunjukkan bahwa risiko yang terkait dengan penelitian semacam itu, jauh lebih besar daripada risikonya. manfaat yang mungkin diberikannya. Siapa yang diuntungkan dari kemunculan dan penyebaran KPS tersebut? Ini adalah pertanyaan sulit yang membutuhkan jawaban nyata.  

*** 

Referensi:  

1. Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa. Implikasi kemunculan dan penyebaran SARSCoV-2 B.1.1. 529 varian perhatian (Omicron), untuk EU/EEA. 26 November 2021. ECDC: Stockholm; 2021. Tersedia online di https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-emergence-sars-cov-2-variant-b.1.1.529   

2. Simmonds P., 2020. Hipermutasi C→U Merajalela dalam Genom SARS-CoV-2 dan Coronavirus Lainnya: Penyebab dan Konsekuensi untuk Lintasan Evolusi Jangka Pendek dan Jangka Panjangnya. 24 Juni 2020. DOI: https://doi.org/10.1128/mSphere.00408-20 

3. NIH. Penelitian yang Melibatkan Peningkatan Potensi Patogen Pandemi. (halaman ditinjau pada 20 Oktober 2021. https://www.nih.gov/news-events/research-involving-potential-pandemic-pathogens  

4. Pergeseran pasir penelitian 'keuntungan-fungsi'. Alam 598, 554-557 (2021). doi: https://doi.org/10.1038/d41586-021-02903-x 

5. Bert Jan Haijema, Haukeliene Volders, dan Peter JM Rottier. Mengganti Tropisme Spesies: Cara Efektif untuk Memanipulasi Genom Virus Corona Kucing. Jurnal Virologi. Jil. 77, No. 8. DOI: https://doi.org/10.1128/JVI.77.8.4528-4538.20033 

6. Schmidt, F., Weisblum, Y., Rutkowska, M. et al. Penghalang genetik tinggi untuk lolosnya antibodi penetral poliklonal poliklonal SARS-CoV-2. Alam (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0 

7. Andreano E., et al 2021. SARS-CoV-2 lolos dari plasma penyembuhan COVID-19 yang sangat menetralkan. PNAS 7 September 2021 118 (36) e2103154118; https://doi.org/10.1073/pnas.2103154118 

***